การประเมินความผันแปรทางพันธุกรรมของเชื้อรา Sarocladium oryzae สาเหตุโรคกาบใบเน่าสายพันธุ์ต่าง ๆ ในประเทศไทยด้วยเครื่องหมาย ISSR Evaluation of genetic variation of Sarocladium oryzae causal agent of rice sheath rot disease based on ISSR markers

Main Article Content

Chonnipa Deewong Wanida Thamthurasan Jintana Unartngam

Abstract

เชื้อรา Sarocladium oryzae เป็นสาเหตุโรคกาบใบเน่า และโรคเมล็ดด่างของข้าวเป็นโรคที่มีความสำคัญในการผลิตข้าวของประเทศ ซึ่งทำให้ปริมาณ และคุณภาพของผลผลิตข้าวในประเทศลดลง การศึกษาในครั้งนี้จึงมีวัตถุประสงค์เพื่อศึกษาความผันแปรทางพันธุกรรมของเชื้อรา S. oryzae สายพันธุ์ ต่าง ๆ ที่ระบาดในประเทศไทย โดยการวิเคราะห์ลายพิมพ์ดีเอ็นเอของเชื้อราด้วยเครื่องหมาย inter simple sequence repeat (ISSR) จากการสำรวจ และเก็บรวบรวมตัวอย่างข้าวที่เป็นโรคกาบใบเน่าจากแหล่งปลูกข้าวที่สำคัญในพื้นที่ภาคกลาง และภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทย สามารถแยกเชื้อจากตัวอย่างที่เก็บจากธรรมชาติได้ 257 ไอโซเลต จากทั้งหมด 186 แปลง ใน 16 จังหวัด และทำการจำแนกชนิดของเชื้อราด้วยลักษณะทางสัณฐานวิทยา จากนั้นเลือกตัวแทนเชื้อรา S. oryzae 40 ไอโซเลต จากแหล่งต่าง ๆ มาวิเคราะห์ลายพิมพ์ดีเอ็นเอด้วยเทคนิค ISSR โดยใช้ไพรเมอร์จำนวน 5 ไพรเมอร์ ได้แก่ P7: GTT(TCG)5, (AGG)5, (GTC)5, (GTG)5 และ(CAG)5 วิเคราะห์ และจัดกลุ่มด้วยวิธี UPGMA และจำแนกความแตกต่างของจีโนไทป์ พบว่ามีความผันแปรทางพันธุกรรม ในบางพื้นที่พบมากกว่า 1 จีโนไทป์ และมีบางจีโนไทป์พบเฉพาะบางพื้นที่เท่านั้น ผลการทดลองนี้แสดงให้เห็นว่าการเคลื่อนย้ายประชากรของเชื้อรา S. oryzae จากแหล่งเพาะปลูกข้าวในภูมิภาคที่แตกต่างกันของประเทศไทย เกิดความหลากหลายภายในประชากร แต่มีเชื้อราบางสายพันธุ์ที่มีความจำเพาะต่อพื้นที่ ผลการทดลองนี้สามารถใช้เป็นข้อมูลในการพิจารณาการเลือกเชื้อราสาเหตุไปใช้ในการพัฒนาพันธุ์ข้าวให้มีความต้านทานต่อโรคกาบใบเน่า


Sheath rot and dirty panicle disease of rice caused by Sarocladium oryzae is one of the major rice diseases. The disease decreases the quantity and quality of rice production in Thailand. The present study aimed to examine the genetic variation of            S. oryzae strains in Thailand using ISSR markers. Survey and sampling of sheath rot disease were conducted from paddy fields in the central and northeastern regions of Thailand. Recovered fungi (257 isolates) collected from 186 paddy fields in 16 provinces were identified by using morphological characteristics. Then, 40 isolates of S. oryzae from different collection sites were further analyzed. DNA fingerprint analysis of S. oryzae was done by using five primers including P7: GTT(TCG)5, (AGG)5, (GTC)5, (GTG)5 and (CAG)5; then, the data set was analyzed and clustered using the UPGMA method for genotype identification. The results revealed that these fungal isolates were genetic variants within and among fungal populations. The fungal genotype was distributed between two geographical areas, thus one genotype can be observed in more than one site. However, some genotypes occur in only one specific site. The results indicated that the fungal genotypes spread among paddy fields in different geographical areas of Thailand. The genetic diversity was observed within fungal population, however there are some strains that are specific to the locality. These results could be used for consideration the inoculum source for development of sheath rot disease resistant variety


 

Article Details

How to Cite
DEEWONG, Chonnipa; THAMTHURASAN, Wanida; UNARTNGAM, Jintana. การประเมินความผันแปรทางพันธุกรรมของเชื้อรา Sarocladium oryzae สาเหตุโรคกาบใบเน่าสายพันธุ์ต่าง ๆ ในประเทศไทยด้วยเครื่องหมาย ISSR. วารสารวิทยาศาสตร์เกษตรและการจัดการ, [S.l.], v. 4, n. 1, p. 13-20, may 2021. ISSN 2697-5378. Available at: <https://kuojs.lib.ku.ac.th/index.php/jasm/article/view/3973>. Date accessed: 20 june 2021.
Section
Articles